Nell'illustrazione: camera delle torture.
L' INQUISIZIONE PORTOGHESE
Nata nel 1536 su richiesta del re Joan III, nei primi tre anni di attività essa rimase sotto il controllo del papa, ma nel 1539 il re nominò inquisitore maggiore suo fratello don Enrique e, infine, nel 1547 il papa accettò ufficialmente che l'Inquisizione dipendesse dalla corona come accadeva in Spagna. Nel 1560, inquisitori portoghesi giunsero nella città indiana di Goa e nella restante parte dei possedimenti portoghesi in Asia. Obiettivo primario di questa Inquisizione asiatica erano i convertiti al cristianesimo dall'induismo. L'Inquisizione portoghese fu abolita dalle Corti Generali nel 1821.
L'INQUISIZIONE ROMANA (o Sant' Uffizio)
La "Congregazione della Sacra Romana e Universale Inquisizione" fu creata nel 1542 da papa Paolo III con la bolla "Licet ab initio". Consisteva di un collegio permanente di cardinali e altri prelati dipendente direttamente dal papa: il suo compito esplicito era mantenere e difendere l'integrità della fede, esaminare e proscrivere gli errori e le false dottrine. A questo scopo fu anche creato l' "Index librorum proibitorum". Il raggio d'azione degli inquisitori romani comprendeva tutta la Chiesa cattolica, ma la sua concreta attività, fatta eccezione per alcuni casi (come quello del cardinale inglese Reginald Pope), si restrinse quasi solo all'Italia. Tra i processi famosi celebrati da questo tribunale, quello a carico di Giordano Bruno e il processo a Galileo Galilei.
Delle Inquisizioni nate a partire dal Medioevo l'unica ancora oggi esistente.
La caduta dello Stato Pontificio con l'unità d'Italia privò l'Inquisizione delle funzioni repressive prima delegate al braccio secolare, riducendola ad apparato puramente censorio attento soprattutto a vietare la circolazione di prodotti culturali che l'apparato ecclesiastico considerava contrari alla propria etica.
Essa non è stata tuttavia abolita: la Romana e Universale Inquisizione fu rinominata in Sacra Congregazione del Sant'Uffizio il 29 giugno 1908 da Papa Pio X. Il 7 dicembre 1965 Papa Paolo VI ne cambiò il nome in Congregazione per la dottrina della fede ridefinendone i compiti.
Papa Giovanni Paolo II (che in un discorso dell'8 marzo 2000 ha chiesto perdono a nome della chiesa per i peccati dei suoi appartenenti anche riguardo all'Inquisizione) ne ha ridefinito i compiti - promuovere e tutelare la dottrina della fede e dei costumi cattolici - ponendovi a capo, nel 1981, Joseph Alois Ratzinger, l'attuale papa Benedetto XVI.